소득공제.. 받지않은 금액에 대해..

소득공제 신고할때 보험부분과 일반진료 모두 신고를 해야하잖아요.
그런데 보험되는 부분을 환자분께 따로 돈을 받지않는 경우가 있는데
그럴경우 차트입력에서 수납부분을 0원으로 입력했어요.
근데 영수증발급을 하면 그 금액까지 소득공제액으로 표시가 됩니다.
병원에서 발급하는 경우는 삭제하면 되지만 국세청으로 보내는 경우는
그냥 받지않은 금액까지 소득공제액으로 표시되는것 아닌가요?
혹시 제가 방법을 모르고 있는 건가요?
소득공제신고해야하니 빠른답변 부탁드릴게요..